提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
南京GDP五年跨越五个千亿级台阶 挺进全国大中城市十强******
中新网南京1月10日电 (记者 杨颜慈)1月10日上午,南京市第十七届人民代表大会第一次会议在南京人民大会堂开幕。记者从会上获悉,2022年,在多种因素承压下,南京经济交出亮眼成绩单:全市地区生产总值五年跨越五个千亿级台阶,改革开放以来首次迈进全国大中城市十强。
南京市代市长陈之常代表南京市人民政府在大会作《政府工作报告》。陈之常表示,过去五年,南京坚持稳中求进工作总基调,高水平全面建成小康社会,圆满完成“十三五”规划,制定实施“十四五”规划,“强富美高”新南京现代化建设迈出坚实步伐。
夜经济火热,打造南京消费不夜城。图为流光溢彩的夜秦淮。 泱波 摄五年来,南京“经济强”的实力更加彰显。GDP稳中有进,跨越五个千亿级台阶。对外开放再创佳绩,外贸进出口总量由611.9亿美元增长到920亿美元左右,累计使用外资223.3亿美元。
与此同时,创新成为南京闪亮的“城市名片”。报告显示,南京市高新技术企业从1844家增加到8800家以上。通过聚焦创新型产业体系打造,南京形成1个五千亿级和4个千亿级新兴产业集群。规上工业企业超4000家,培育国家制造业单项冠军企业16家。
在经济提质增效之际,民生不断改善,市民的“钱袋子”更鼓了。统计显示,南京民生投入年均增长5.9%,占一般公共预算支出比重保持在75%以上。居民人均可支配收入达6.9万元、年均增长7.3%,居民收入增长持续快于经济增速。
陈之常表示,刚刚过去的2022年,是新时代新征程中具有特殊重要意义的一年。南京承压前行、苦干实干,顶住了冲击、稳住了大局,全市经济社会发展总体实现稳中有进。
南京坚持“山水城林”融为一体的生态格局,经济发展同时让好山好水融入城市风光。 泱波 摄过去一年,南京全力保增长、稳大盘,经济运行实现企稳向好;聚力抓创新、强产业,转型发展动能更加强劲;大力推改革、促开放,机制活力持续优化提升;致力补短板、惠民生,群众生活水平稳步提高;强力守底线、防风险,社会大局保持和谐稳定。
统计显示,2022年南京预计全年地区生产总值增长2%左右,一般公共预算收入同口径正增长,社会消费品零售总额与上年基本持平。
南京经济在承压下提质增效。图为繁忙的港口码头。 泱波 摄值得关注的是,消费在南京经济发展中起到显著拉动作用。通过多方联动促消费回补,举办南京国际消费节,推出1000余场线上线下融合促消费活动,南京打造1000个消费新场景,新增商业品牌首店近300家,新街口商圈入选全国首批示范智慧商圈,熙南里街区入选第二批国家级夜间文旅消费集聚区,消费拉动作用稳步增强。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎) [责编:天天中] 阅读剩余全文() |